Порядок и корреляции в геномных последовательностях ДНК. Спектральный подход

В.В. Лобзин^а, В.Р. Чечеткин^б
^аИнститут земного магнетизма, ионосферы и распространения радиоволн им. Н.В. Пушкова РАН (ИЗМИРАН), Калужское шоссе 4, Троицк, Москва, 108840, Российская Федерация
^бГосударственный научный центр Российской Федерации «Троицкий институт инновационных и термоядерных исследований», Троицк, Москосковская обл., Российская Федерация

В рамках спектрального подхода обсуждается проблема структурного анализа геномных последовательностей ДНК. Взаимная однозначность и взаимная дополнительность масштабов при преобразовании Фурье делают такой подход достаточно универсальным. Спектральные характеристики для случайных последовательностей с тем же нуклеотидным составом обладают свойством самоусредняемости для сравнительно коротких последовательностей длиной M \geqslant 100-300. Сравнение с характеристиками для случайных последовательностей определяет статистическую значимость структурных особенностей, наблюдаемых в геномных последовательностях ДНК. Кроме традиционных приложений для выявления скрытых периодичностей, спектральные методы можно эффективно применять для анализа взаимных корреляций в последовательностях ДНК. Совместное использование спектров для структурных факторов и корреляционных функций позволяет оценить не только интегральные корреляции, но и выяснить их источник. Общую количественную оценку для степени регулярности последовательности можно получить с помощью структурной спектральной энтропии. Обзор содержит также краткое введение в проблему и описание других основных методов анализа последовательностей ДНК.

Текст pdf (568 Кб)

Скачивая файл я соглашаюсь с условиями использования.

English fulltext is available at DOI: 10.1070/PU2000v043n01ABEH000611

PACS: 02.50.−r, 05.10.−a, 87.10.+e, 87.14.Gg (все)
DOI: 10.3367/UFNr.0170.200001c.0057
URL: https://ufn.ru/ru/articles/2000/1/c/
Web of Science

000086055100003
Цитата: Лобзин В В, Чечеткин В Р "Порядок и корреляции в геномных последовательностях ДНК. Спектральный подход" УФН 170 57–81 (2000)

BibTexBibNote ® (generic)BibNote ® (RIS)MedlineRefWorks

Русский

English

@article{Lobzin:2000,
	author = {V. V. Lobzin and V. R. Chechetkin},
	title = {Order and correlations in genomic DNA sequences. The spectral approach},
	publisher = {Uspekhi Fizicheskikh Nauk},
	year = {2000},
	journal = {Usp. Fiz. Nauk},
	volume = {170},
	number = {1},
	pages = {57-81},
	url = {https://ufn.ru/ru/articles/2000/1/c/},
	doi = {10.3367/UFNr.0170.200001c.0057}
}

English citation: Lobzin V V, Chechetkin V R “Order and correlations in genomic DNA sequences. The spectral approach” Phys. Usp. 43 55–78 (2000); DOI: 10.1070/PU2000v043n01ABEH000611