RSS-ленты
РусскийEnglish
Выпуск 12, 2024
Том год страница
Выпуски Авторы PACS Подписчикам Для авторов

Выпуски

 / 

2000

 / 

Январь

←  →

Обзоры актуальных проблем


Порядок и корреляции в геномных последовательностях ДНК. Спектральный подход

 а,  б
а Институт земного магнетизма, ионосферы и распространения радиоволн им. Н.В. Пушкова РАН (ИЗМИРАН), Калужское шоссе 4, Троицк, Москва, 108840, Российская Федерация
б Государственный научный центр Российской Федерации «Троицкий институт инновационных и термоядерных исследований», Троицк, Москосковская обл., Российская Федерация

В рамках спектрального подхода обсуждается проблема структурного анализа геномных последовательностей ДНК. Взаимная однозначность и взаимная дополнительность масштабов при преобразовании Фурье делают такой подход достаточно универсальным. Спектральные характеристики для случайных последовательностей с тем же нуклеотидным составом обладают свойством самоусредняемости для сравнительно коротких последовательностей длиной M \geqslant 100-300. Сравнение с характеристиками для случайных последовательностей определяет статистическую значимость структурных особенностей, наблюдаемых в геномных последовательностях ДНК. Кроме традиционных приложений для выявления скрытых периодичностей, спектральные методы можно эффективно применять для анализа взаимных корреляций в последовательностях ДНК. Совместное использование спектров для структурных факторов и корреляционных функций позволяет оценить не только интегральные корреляции, но и выяснить их источник. Общую количественную оценку для степени регулярности последовательности можно получить с помощью структурной спектральной энтропии. Обзор содержит также краткое введение в проблему и описание других основных методов анализа последовательностей ДНК.

Текст pdf (568 Кб)
English fulltext is available at DOI: 10.1070/PU2000v043n01ABEH000611
PACS: 02.50.−r, 05.10.−a, 87.10.+e, 87.14.Gg (все)
DOI: 10.3367/UFNr.0170.200001c.0057
URL: https://ufn.ru/ru/articles/2000/1/c/
000086055100003
Цитата: Лобзин В В, Чечеткин В Р "Порядок и корреляции в геномных последовательностях ДНК. Спектральный подход" УФН 170 57–81 (2000)
BibTexBibNote ® (generic)BibNote ® (RIS)MedlineRefWorks

English citation: Lobzin V V, Chechetkin V R “Order and correlations in genomic DNA sequences. The spectral approach” Phys. Usp. 43 55–78 (2000); DOI: 10.1070/PU2000v043n01ABEH000611

Список литературы (130) Статьи, ссылающиеся на эту (55) Похожие статьи (20) ↓

  1. А.Ю. Гросберг «Неупорядоченные полимеры» УФН 167 129–166 (1997)
  2. И.М. Дремин, О.В. Иванов, В.А. Нечитайло «Вейвлеты и их использование» УФН 171 465–501 (2001)
  3. В.И. Кляцкин, Д. Гурарий «Когерентные явления в стохастических динамических системах» УФН 169 171–207 (1999)
  4. П.Г. Фрик, Д.Д. Соколов, Р.А. Степанов «Вейвлет-анализ пространственно-временной структуры физических полей» УФН 192 69–99 (2022)
  5. В.К. Ванаг «Исследование пространственно распределенных динамических систем методами вероятностного клеточного автомата» УФН 169 481–505 (1999)
  6. Ф.И. Атауллаханов, В.И. Зарницына и др. «Особый класс автоволн — автоволны с остановкой — определяет пространственную динамику свертывания крови» УФН 172 671–690 (2002)
  7. В.И. Кляцкин «Кластеризация и диффузия частиц и плотности пассивной примеси в случайных гидродинамических потоках» УФН 173 689–710 (2003)
  8. В.С. Анищенко, Т.Е. Вадивасова и др. «Статистические свойства динамического хаоса» УФН 175 163–179 (2005)
  9. А.Ю. Лоскутов «Очарование хаоса» УФН 180 1305–1329 (2010)
  10. М.В. Волькенштейн «Сущность биологической эволюции» УФН 143 429–466 (1984)
  11. В.В. Учайкин, А.Д. Ерлыкин, Р.Т. Сибатов «Нелокальная (дробно-дифференциальная) модель переноса космических лучей в межзвёздной среде» УФН 193 233–278 (2023)
  12. В.Ф. Турчин, В.П. Козлов, М.С. Малкевич «Использование методов математической статистики для решения некорректных задач» УФН 102 345–386 (1970)
  13. Ф.Г. Басс, С.Я. Брауде и др. «Флуктуации электромагнитных волн в тропосфере при наличии поверхности раздела» УФН 73 89–119 (1961)
  14. Д.С. Чернавский «Проблема происхождения жизни и мышления с точки зрения современной физики» УФН 170 157–183 (2000)
  15. В.А. Коварский «Квантовые процессы в биологических молекулах. Ферментативный катализ» УФН 169 889–908 (1999)
  16. Ю.Ф. Крупянский, В.И. Гольданский «Динамические свойства и энергетичесий ландшафт простых глобулярных белков» УФН 172 1247–1269 (2002)
  17. Г.Р. Иваницкий, А.Б. Медвинский и др. «От «демона Максвелла» к самоорганизации процессов массопереноса в живых системах» УФН 168 1221–1233 (1998)
  18. В.Н. Бинги, А.В. Савин «Физические проблемы действия слабых магнитных полей на биологические системы» УФН 173 265–300 (2003)
  19. В.В. Учайкин «Автомодельная аномальная диффузия и устойчивые законы» УФН 173 847–876 (2003)
  20. Г.Д. Абарбанель, М.И. Рабинович и др. «Синхронизация в нейронных ансамблях» УФН 166 363–390 (1996)

Список формируется автоматически.
© Успехи физических наук, 1918–2024
Электронная почта: ufn@ufn.ru Телефоны и адреса редакции О журнале Пользовательское соглашение