Выпуски

 / 

2000

 / 

Январь

  

Обзоры актуальных проблем


Порядок и корреляции в геномных последовательностях ДНК. Спектральный подход

 а,  б
а Институт земного магнетизма, ионосферы и распространения радиоволн им. Н.В. Пушкова РАН (ИЗМИРАН), Калужское шоссе 4, Троицк, Москва, 108840, Российская Федерация
б Государственный научный центр Российской Федерации «Троицкий институт инновационных и термоядерных исследований», Троицк, Москосковская обл., Российская Федерация

В рамках спектрального подхода обсуждается проблема структурного анализа геномных последовательностей ДНК. Взаимная однозначность и взаимная дополнительность масштабов при преобразовании Фурье делают такой подход достаточно универсальным. Спектральные характеристики для случайных последовательностей с тем же нуклеотидным составом обладают свойством самоусредняемости для сравнительно коротких последовательностей длиной M \geqslant 100-300. Сравнение с характеристиками для случайных последовательностей определяет статистическую значимость структурных особенностей, наблюдаемых в геномных последовательностях ДНК. Кроме традиционных приложений для выявления скрытых периодичностей, спектральные методы можно эффективно применять для анализа взаимных корреляций в последовательностях ДНК. Совместное использование спектров для структурных факторов и корреляционных функций позволяет оценить не только интегральные корреляции, но и выяснить их источник. Общую количественную оценку для степени регулярности последовательности можно получить с помощью структурной спектральной энтропии. Обзор содержит также краткое введение в проблему и описание других основных методов анализа последовательностей ДНК.

Текст: pdf
Войдите или зарегистрируйтесь чтобы получить доступ к полным текстам статей.
English fulltext is available at IOP
PACS: 02.50.−r, 05.10.−a, 87.10.+e, 87.14.Gg (все)
DOI: 10.3367/UFNr.0170.200001c.0057
URL: https://ufn.ru/ru/articles/2000/1/c/
Цитата: Лобзин В В, Чечеткин В Р "Порядок и корреляции в геномных последовательностях ДНК. Спектральный подход" УФН 170 57–81 (2000)
BibTexBibNote ® (generic)BibNote ® (RIS)MedlineRefWorks

English citation: Lobzin V V, Chechetkin V R “Order and correlations in genomic DNA sequences. The spectral approachPhys. Usp. 43 55–78 (2000); DOI: 10.1070/PU2000v043n01ABEH000611

Список литературы (130) Статьи, ссылающиеся на эту (50) Похожие статьи (20) ↓

  1. А.Ю. Гросберг «Неупорядоченные полимеры» 167 129–166 (1997)
  2. И.М. Дремин, О.В. Иванов, В.А. Нечитайло «Вейвлеты и их использование» 171 465–501 (2001)
  3. В.И. Кляцкин, Д. Гурарий «Когерентные явления в стохастических динамических системах» 169 171–207 (1999)
  4. В.К. Ванаг «Исследование пространственно распределенных динамических систем методами вероятностного клеточного автомата» 169 481–505 (1999)
  5. Ф.И. Атауллаханов, В.И. Зарницына и др. «Особый класс автоволн — автоволны с остановкой — определяет пространственную динамику свертывания крови» 172 671–690 (2002)
  6. В.И. Кляцкин «Кластеризация и диффузия частиц и плотности пассивной примеси в случайных гидродинамических потоках» 173 689–710 (2003)
  7. В.С. Анищенко, Т.Е. Вадивасова и др. «Статистические свойства динамического хаоса» 175 163–179 (2005)
  8. А.Ю. Лоскутов «Очарование хаоса» 180 1305–1329 (2010)
  9. В.Ф. Турчин, В.П. Козлов, М.С. Малкевич «Использование методов математической статистики для решения некорректных задач» 102 345–386 (1970)
  10. Д.С. Чернавский «Проблема происхождения жизни и мышления с точки зрения современной физики» 170 157–183 (2000)
  11. В.А. Коварский «Квантовые процессы в биологических молекулах. Ферментативный катализ» 169 889–908 (1999)
  12. Г.Р. Иваницкий, А.Б. Медвинский и др. «От «демона Максвелла» к самоорганизации процессов массопереноса в живых системах» 168 1221–1233 (1998)
  13. Ю.Ф. Крупянский, В.И. Гольданский «Динамические свойства и энергетичесий ландшафт простых глобулярных белков» 172 1247–1269 (2002)
  14. В.Н. Бинги, А.В. Савин «Физические проблемы действия слабых магнитных полей на биологические системы» 173 265–300 (2003)
  15. В.В. Учайкин «Автомодельная аномальная диффузия и устойчивые законы» 173 847–876 (2003)
  16. Г.Д. Абарбанель, М.И. Рабинович и др. «Синхронизация в нейронных ансамблях» 166 363–390 (1996)
  17. М.Д. Франк-Каменецкий, В.В. Аншелевич, А.В. Лукашин «Полиэлектролитная модель ДНК» 151 595–618 (1987)
  18. В.В. Учайкин «Дробно-дифференциальная феноменология аномальной диффузии космических лучей» 183 1175–1223 (2013)
  19. М.В. Волькенштейн «Сущность биологической эволюции» 143 429–466 (1984)
  20. Б.Н. Белинцев «Диссипативные структуры и проблема биологического формообразования» 141 55–101 (1983)

Список формируется автоматически.

© Успехи физических наук, 1918–2021
Электронная почта: ufn@ufn.ru Телефоны и адреса редакции О журнале Пользовательское соглашение