Выпуски

 / 

2000

 / 

Январь

  

Обзоры актуальных проблем


Порядок и корреляции в геномных последовательностях ДНК. Спектральный подход

 а,  б
а Институт земного магнетизма, ионосферы и распространения радиоволн им. Н.В. Пушкова РАН (ИЗМИРАН), Калужское шоссе 4, Троицк, Москва, 108840, Российская Федерация
б Государственный научный центр Российской Федерации «Троицкий институт инновационных и термоядерных исследований», Троицк, Москосковская обл., Российская Федерация

В рамках спектрального подхода обсуждается проблема структурного анализа геномных последовательностей ДНК. Взаимная однозначность и взаимная дополнительность масштабов при преобразовании Фурье делают такой подход достаточно универсальным. Спектральные характеристики для случайных последовательностей с тем же нуклеотидным составом обладают свойством самоусредняемости для сравнительно коротких последовательностей длиной M \geqslant 100-300. Сравнение с характеристиками для случайных последовательностей определяет статистическую значимость структурных особенностей, наблюдаемых в геномных последовательностях ДНК. Кроме традиционных приложений для выявления скрытых периодичностей, спектральные методы можно эффективно применять для анализа взаимных корреляций в последовательностях ДНК. Совместное использование спектров для структурных факторов и корреляционных функций позволяет оценить не только интегральные корреляции, но и выяснить их источник. Общую количественную оценку для степени регулярности последовательности можно получить с помощью структурной спектральной энтропии. Обзор содержит также краткое введение в проблему и описание других основных методов анализа последовательностей ДНК.

Текст pdf (568 Кб)
English fulltext is available at DOI: 10.1070/PU2000v043n01ABEH000611
PACS: 02.50.−r, 05.10.−a, 87.10.+e, 87.14.Gg (все)
DOI: 10.3367/UFNr.0170.200001c.0057
URL: https://ufn.ru/ru/articles/2000/1/c/
000086055100003
Цитата: Лобзин В В, Чечеткин В Р "Порядок и корреляции в геномных последовательностях ДНК. Спектральный подход" УФН 170 57–81 (2000)
BibTexBibNote ® (generic)BibNote ® (RIS) MedlineRefWorks
Русский English
PT Journal Article
TI Порядок и корреляции в геномных последовательностях ДНК. Спектральный подход
AU Лобзин В В
FAU Лобзин ВВ
AU Чечеткин В Р
FAU Чечеткин ВР
DP 10 Jan, 2000
TA Усп. физ. наук
VI 170
IP 1
PG 57-81
RX 10.3367/UFNr.0170.200001c.0057
URL https://ufn.ru/ru/articles/2000/1/c/
SO Усп. физ. наук 2000 Jan 10;170(1):57-81

English citation: Lobzin V V, Chechetkin V R “Order and correlations in genomic DNA sequences. The spectral approachPhys. Usp. 43 55–78 (2000); DOI: 10.1070/PU2000v043n01ABEH000611

© Успехи физических наук, 1918–2024
Электронная почта: ufn@ufn.ru Телефоны и адреса редакции О журнале Пользовательское соглашение