В работе исследуется два подхода для изучения термодинамических флуктуаций в компьютерных симуляциях, один — основанный на теории, изложенной в учебнике Ландау—Лифшица, которая предполагает самосогласованное решение проблемы, и второй — развитый в работах Lebowitz—Percus—Verlet и др., предназначен для ограниченного класса задач компьютерных симуляций методом классической молекулярной динамики. Исследование флуктуаций в молекулярно-динамической симуляции флюида гелия при комнатной температуре и давлении 2 кбар показывает, что они в разы отличаются, в зависимости от типа ансамбля (NVE или NVT), использованного в вычислениях. Для NVT ансамбля наилучший результат дает подход Ландау—Лифшица, а для микроканонического NVE ансамбля — подход Lebowitz—Percus—Verlet. Вместе с тем, в этой системе в NVT ансамбле было установлено отличие плотности распределения температурных флуктуаций от нормальной. Было показано, что это отличие связано с присутствием т.н. алгоритмических флуктуаций, обусловленных компьютерной реализацией алгоритма вычислений: дискретностью времени, ограниченностью вычислений по времени и т.д. Показана принципиальная возможность согласовать слабую консервативность законов движения частиц, где энергия сохраняется в среднем, с очевидной асимметрией эволюции системы в целом с течением времени.