По сравнению с обычным электронным водородоподобным атомом мезоатом обладает рядом специфических особенностей: близость мезона к ядру, возможность захвата мезона ядром, ядерное взаимодействие мезона с нуклонами ядра, наличие на орбитах в атоме одновременно частиц разных сортов (электронов и мезона), разные спины мезонов и т. д. Изучение мезоатомов поэтому представляет большой интерес и может дать много новых сведений о строении ядер и взаимодействии частиц.